Tác phẩm bằng chữ Nôm

• Ngư phủ nhập Đào nguyên (Truyện người đánh cá vào suối hoa đào) còn gọi là "Đào nguyên hành". Đây là khúc ca do ông làm khi bị đày vào thành Nam (Nghệ An) vì trái ý vua[2], nhưng nay đã thất truyền.
• Lâm tuyền vãn (Bài vãn ca về cảnh sống nơi rừng suối): gồm 185 câu thơ lục bát. Chưa thể khẳng định được bài vãn này có phải là "Ngư phủ nhập Đào nguyên" hay không.
• Chu Dịch quốc âm ca: là sách diễn nghĩa về Kinh Dịch, nhưng nay đã không còn. Bản Chu Dịch quốc âm ca (trùng tên) hiện nay là của danh sĩ Đặng Thái Bằng (1678-?).[7]

Ngoài ra, ông còn để lại một vài bài tựa (viết cho một vài tập thơ), và văn bia. Tương truyền, một số tập sách sau đây cũng là của ông: Phùng Thượng thư sấm (Lời sấm của Thượng thư họ Phùng), Binh gia yếu chỉ (Những phương lược trọng yếu của nhà binh), Tư thiên gia truyền chú (Chú giải bộ sách gia truyền về việc xem xét thiên văn),...nhưng không có căn cứ gì xác thực [8].

Tác phẩm bằng chữ Hán

• Ngôn chí thi tập (Tập thơ nói chí): được viết từ năm 16 tuổi đến năm 86 tuổi. Cứ 10 năm thì đóng thành tập, phải có tới 7 tập, nhưng hiện nay chỉ còn đến tập V, tức lúc tác giả chừng 60 tuổi, tổng cộng khoảng 260 bài. Đây là tập thơ (có xen vài bài từ) vừa có tính chất ghi chép, vừa có tính chất trữ tình. Nội dung bao gồm mọi mặt sinh hoạt, tâm tình, hành vi và lý tưởng trong gần suốt cuộc đời của tác giả. Đầu tập thơ có bài tựa của ông làm năm 1586.[9]
• Huấn đồng thi tập (Tập thơ dạy trẻ): gồm 172 bài vịnh thời tiết, khí hậu, cây cỏ, côn trùng...để dạy trẻ; nhưng hiện nay chỉ còn khoảng 30 bài.
• Đa thức tập (Tập thơ biết nhiều): nhân đọc Kinh Thi thấy có tên các loại cỏ cây, chim muông, côn trùng, cá...nhân đó, ông làm ra tập thơ này. Hiện còn khoảng 100 bài. Cũng như Huấn đồng thi tập, Đa thức tập viết ra với mục đích giáo huấn và cung cấp kiến thức cho trẻ, nên giá trị văn học không cao [10]
• Mai Lĩnh sứ hoa thi tập (Tập thơ đi sứ Trung Quốc qua cửa quan Mai Lĩnh): gồm các bài viết với tính chất giao tế, thù tạc và bộc lộ tâm sự nhớ nước thương nhà.

Tương truyền, ông đã gặp thần nữ là Liễu Hạnh công chúa cả thảy hai lần, và đều có xướng họa thơ: một lần gặp ở chùa Thiên Minh (Lạng Sơn) khi ông đi sứ về, một lần ở Hồ Tây (nay thuộc Hà Nội) khi ông cùng với hai bạn họ Ngô và họ Lý đi chơi thuyền. Lần ở Hồ Tây, người tiên kẻ tục bèn làm thơ xướng họa liên ngâm, sau được nữ sĩ Đoàn Thị Điểm chép trong truyện "Vân Cát thần nữ" ở tập Truyền kỳ tân phả của bà. Theo nhà nghiên cứu Bùi Duy Tân, thì bài thơ ấy được đặt tên là Tây Hồ quan ngư (Xem cá Hồ Tây).[11] Bản tiếng Việt do Phan Kế Bính dịch có tên là Hồ Tây tức cảnh.